Η ΠΕΓΚΑΠ-ΝΥ άρχισε να λειτουργεί με την υποστήριξη ομάδας γονέων παιδιών με ΝΥ σε συνεργασία με το κέντρο Ψυχικής Υγιεινής από το 1963 και απευθυνόταν σε άτομα σχολικής ηλικίας που απασχολούνταν κυρίως στο Στουπάθειο έως τα 18 τους χρόνια. Το 1978 για να συνεχίσουν αυτά τα άτομα την κατάρτισή τους, ιδρύεται η μονάδα στο Χαλάνδρι Αττικής με μορφή απασχόλησης με την χρηματοδότηση του Υπουργείου Υγείας και Πρόνοιας. Το 1982 λειτουργεί και δεύτερη μονάδα στο Γαλάτσι και το 1995 τρίτη μονάδα στην Άνοιξη Αττικής. Το σύνολο των ατόμων με ΝΥ που παρακολουθούσαν καθημερινά έφτανε τα 180 άτομα. Από το 2012 στο Χαλάνδρι στο νεο κατασκευασθέν κτήριο λειτουργούν Στέγη Υποστηριζόμενης Διαβίωσης 6 ατόμων και από το 2016 Κέντρο Πρόληψης και Συμβουλευτικής. Από το 2017 σε Χαλάνδρι και Άνοιξη λειτουργούν Κέντρα Διημέρευσης και Ημερήσιας Φροντίδας (ΚΔΗΦ), χρηματοδοτούμενα από προγράμματα ΕΣΠΑ.

Σε Εθνικό Επίπεδο η ΠΕΓΚΑΠ-ΝΥ:
 Είναι υπό τον έλεγχο του Υπουργείου Εργασίας και της Περιφέρειας Αττικής.
 Είναι μέλος της Πανελλήνιας Ομοσπονδίας Γονέων και Κηδεμόνων Ατόμων με Νοητική Αναπηρία (ΠΟΣΓΚΑμεΑ).
 Συνεργάζεται με όλες τις Κοινωνικές Κυβερνητικές και της Τοπικής Αυτοδιοίκησης Υπηρεσίες